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1．微生物
云南普洱茶在制作过程中有一道特殊的工序是微生物固态发酵，它是形成普洱茶品质特征最关键的一步。在这一工序中微生物发挥了重要作用，整个微生物固态发酵过程中主要发生了以多酚类为主体的一系列复杂剧烈的生物转化反应和氧化反应，以及茶多糖的转化积累。生物转化是以微生物分泌的胞外酶进行的酶促催化反应为主。现已证实，普洱茶中的微生物主要为黑曲霉（Aspergillus niger）、根霉（Rhizopus chinehsis）、乳酸菌（Loctobacillus thermophilus）及酵母（Yeast）等。其中黑曲霉最多，它能产生葡萄糖淀粉酶、果胶酶、纤维素酶等；酵母次之，除它本身含有极丰富的对人体有益的营养物质、丰富的酶系统和生理活性物质外，酵母菌还能代谢产生维生素B1、B2、、维生素C等物质。这些微生物对普洱茶品质形成都直接或间接地起作用。
2．水分
水分为普洱茶加工过程中的重要介质。普洱茶加工所用的晒青毛茶一般含水量较低，必须增加茶叶含水量才能在微生物固态发酵中较好地发挥湿热作用。水分多，物质的扩散转移和相互作用就显著，同时，水分就成了化学反应的溶剂和霉菌繁殖的必要条件。尤其是营造中湿条件有利于对普洱茶品质的有益微生物生长，进而形成良好普洱茶品质的化学成分。水分不但是茶叶发酵过程中各种物质变化不可缺少的介质，而且水分本身又是许多物质变化的直接参与者，它分解而成的原子与基团，是发酵过程中多酚类物质的重要氧化产物，或其它一些新形成的化合物必不可少的构成部分。所以在水分亏缺的情况下，多酚类物质的正常氧化变化途径，以及其他一些生化变化就会受到影响；多酚类物质氧化成醌类物质后，易于聚合成暗褐色化合物；胶体状态的酶蛋白，又易于发生凝固作用而丧失催化能力。此外，由于发酵叶堆里外层叶子水分蒸发程度不一，化学物质的物理状态和生化变化条件也就不同，氧化作用的进行就会有差别，发生了发酵不匀现象。这些说明，发酵叶需要有足够的含水量，发酵环境也需保持有足够高的相对湿度，发酵才能取得良好的效果。多酚类物质氧化后的水溶性产物，才能有较多的形成与保留。在水热作用下，会促使茶黄素和茶红素含量减少，茶褐素含量增加，直接影响着普洱茶茶汤汤色的变化。同时，水解酶的作用使其一部分大分子糖类物质热裂解成单糖或寡糖，因而单糖含量又趋增加。就品质而言，能给茶汤带来甜醇。
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